Eu sugeriria instalar a ferramenta WKHtmlToPDF do link (movido de: link ).
Você pode então mudar para a pasta raiz e usar find e xargs para convertê-los:
cd /main-folder
find . -name \*.html | sed 's/.html$//g' | xargs -n 1 --replace=X wkhtmltopdf X.html X.pdf
Isso criará um PDF com cada arquivo HTML.