Bem vindo à comunidade Ubuntu =) !. Sua pergunta fornece uma perspectiva interessante sobre como um usuário do Windows visualiza o novo mundo do linux / unix.
Quando você instala (a maioria) aplicativos, eles tendem a ser instalados em / usr / bin (no Ubuntu), mas isso é apenas os binários. Os arquivos de dados são instalados em vários outros locais, como / usr / share / applicationnameaqui. As bibliotecas geralmente entram em / usr / lib.
É claro que todas essas informações, embora úteis, provavelmente ainda não farão com que pareça mais simples para você. A coisa surpreendente que você vai notar em breve, é que o Ubuntu coloca automaticamente seus aplicativos nas pastas apropriadas para você! Se você instalar um ".deb" (pacote instalador), ele colocará tudo onde for necessário. Você não tem a opção de escolher para onde vai, porque o sistema já tem cobertura, ao contrário do Windows.
A maneira mais simples de obter aplicativos nos lugares certos é simplesmente usar o centro de software, que, segundo sua pergunta, você já começou a fazer. Você não terá que se preocupar com um problema de "Arquivos de programas ou nenhum arquivo de programa", o Ubuntu está coberto:)!
Outra coisa a notar, tudo que você precisa fazer para executar um aplicativo é digitar seu comando. Por exemplo, para executar o editor de texto padrão, pressione alt + f2 e digite gedit e, em seguida, pressione enter. Voila!
Você encontrará o Ubuntu, e o desktop linux em geral, para ser um mundo bastante intrigante para se trabalhar.