Você pode instalar o Ubuntu em qualquer partição. Eu não vejo o significado real da sua pergunta embora. Se você tem medo de que, ao instalar o Ubuntu, ele acabe com todo o seu disco rígido, então não. Não vai acabar com todo o seu disco rígido, a menos que você selecione a opção "Usar o disco rígido completo para instalação" durante as etapas de instalação do Ubuntu.
Você pode criar algum espaço não alocado (lembre-se de que seu disco rígido pode ter apenas quatro partições primárias. Então, se já houver quatro, crie este espaço não alocado dentro da partição estendida) e instale o ubuntu nele. Anexando uma imagem do meu disco rígido: