Eu tive o mesmo problema e não tive sucesso em resolvê-lo através do painel de controle, mas resolvi através da interface web. O painel de controle controla apenas como esse dispositivo é sincronizado com a nuvem, por isso não é possível remover pastas da nuvem.
Ambas as respostas oferecidas até agora parecem não entender a pergunta, então aqui está um esclarecimento do que eu acredito ser o problema original:
Digamos que, dentro de ~/Parent/ , você sincronize ~/Parent/child1/ e ~/Parent/child2/ , mas não ~/Parent/child3/ ou ~/Parent/child4/ . Agora você quer sincronizar ~/Parent/ com qualquer coisa que eu coloquei lá. Mas quando você tenta sincronizar ~/Parent/ , você recebe um erro dizendo que ele se sobrepõe a outras coisas que você sincronizou. Você pode parar de sincronizar cada uma dessas pastas através do painel de controle do Ubuntu One de cada dispositivo, mas o painel de controle não pode remover as pastas da nuvem.
A solução é esquecer o painel de controle e entrar no link , clicar em "Mais" à direita de cada pasta filha e selecione "X Parar de sincronizar esta pasta". Idealmente, agora você deve conseguir sincronizar o pai. Mas para mim isso nunca funciona a menos que eu reinicie o daemon de sincronização (do terminal: killall ubuntuone-syncdaemon then ubuntuone-launch ). Então, posso clicar com o botão direito na pasta que quero sincronizar e selecionar "Ubuntu One > Synchronize this folder".
Talvez os desenvolvedores descubram no futuro uma maneira mais fácil de sincronizar a pasta -parent que inclui todas as pastas-filho já sincronizadas por padrão.