Qualquer "proteção" existente pode dificultar o acesso a arquivos na unidade agora, mas não deve impedir sua formatação. Você pode usar o GParted para formatar a unidade no Ubuntu, se o Utilitário de Disco não funcionar.
FAT32 provavelmente é bom para suas necessidades. Você só pode ter arquivos com menos de 4 GiB em um sistema FAT32.
O NTFS também funcionará.
Existem drivers para acessar sistemas de arquivos ext2, ext3 e ext4 no Windows, mas se a finalidade desta unidade é compartilhar dados entre os sistemas, você também pode usar FAT32 ou NTFS. Então você não precisa instalar nenhum driver novo em nenhum sistema. Além disso, isso permitirá que você leia e grave na unidade em outros sistemas Windows.
Caso seja uma consideração relevante para você, o Mac OS X (sem drivers adicionados) lerá e gravará o FAT32 e lerá, mas não gravará o NTFS.