Você terá que corrigir o flash player para enviar os sinais apropriados, como o Totem. Infelizmente, a maioria das pessoas precisa usar o Adobe Flash, que é um software proprietário.
Mas você sabia que o Totem suporta assistir vídeos do Youtube? Desativa o protetor de tela quando você está jogando coisas. Você o encontra na lista suspensa que normalmente diz playlist no painel direito do Totem. Espero que ajude. :)