Isso também pode ser feito para preferências de aplicativos, como o LibreOffice?
Sim. Isso é bom e ruim. Se forem distribuições diferentes usando os mesmos aplicativos, mas versões diferentes, às vezes a configuração pode ser atualizada para que não seja mais compatível com versões mais antigas. Um exemplo: o Banshee é notoriamente inflexível quando se trata de versões de configuração. Se você instalar uma versão do PPA e tentar voltar, terá que utilizar o banco de dados de configuração.
O Firefox pode ficar um pouco nervoso sobre seus plugins se você pular entre as versões principais, mas ele tende a se fortalecer. E muitas outras aplicações tendem a funcionar.
Mas falando no sentido mais amplo, por que você iria querer "viver" nessas muitas distribuições diferentes? Eu enlouqueceria tentando lembrar em que estava e lidando com vários problemas de hardware. Yak!
Se você precisar fazer coisas do outro ocasionalmente, eu consideraria a possibilidade de deixar sua casa no sistema operacional principal, symlinking / bind-mounting quando precisar de algo (como / music), deixando o resto do seu perfil em paz e, em seguida, apenas virtualizar os sistemas operacionais menos essenciais com o VirtualBox, XEN ou outro HV.