Postado como por solicitação do OP.
Quanto ao uso da CPU, o Ubuntu 11.04 vem com o kernel 2.6, enquanto o Ubuntu 11.10 vem com o kernel 3.0. Seus problemas com a CPU podem ser devido a isso. Tente googling seu nome de processador para quaisquer erros com o Ubuntu 11.10. Provavelmente não é o seu caso, mas, por exemplo, os processadores Sandy Bridge têm alguns problemas de energia com os kernels mais recentes.
Se você ainda tiver o kernel 2.6 instalado (ele ainda deve estar no menu GRUB), você pode tentar inicializar nele para ver se é melhor.
Observação : Eu realmente interpretei mal a pergunta inicialmente pensando que você tem um problema com o aquecimento do processador (CPU). Fico feliz que funcionou mesmo assim. No entanto, como o kernel anterior não apresenta nenhum problema com sua GPU, o problema pode ser devido a diferentes drivers, como sugerido pelo @slangasek, e você deve consultar sua resposta para essa parte, caso deseje tentar corrigi-la.