Os perfis para o Terminal do GNOME são armazenados no sistema de configuração do GConf . Para modificá-los diretamente, pressione Alt + F2 para exibir a caixa "Executar um comando", digite gconf-editor e, em seguida, navegue até /apps/gnome-terminal/profiles .
Desmarcar /apps/gnome-terminal/profiles/Default/use_custom_command deve resolver seu problema.
Um método alternativo para sair dessa situação é substituir o comando personalizado, especificando outro como um argumento de linha de comando, por exemplo, gnome-terminal -x bash , mais uma vez na caixa "Executar um comando".