Método 1
Instale o Ubuntu Tweak
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak
Abaixo de Desktop > Desktop Icon Setting , escolha ocultar ou mostrar ícones da área de trabalho.
Método 2
Instale o gconf
sudo apt-get install
Execute-o pressionando Alt+F2 e digite este gconf-editor
No editor de configuração, vá para apps > nautilus > desktop . Desmarque a caixa que corresponde aos ícones que você deseja ocultar.
Para ocultar todos os ícones da área de trabalho, vá para apps > nautilus > preferences , procure show_desktop e desmarque a caixa.