Apenas com base na minha experiência:
Eu presumo que você usou o SIPE no pidgin. A maneira mais fácil é configurar sua conta primeiro no pidgin e usar o recurso de importação no Empathy.
Se, após a importação, a conta não estiver listada, basta adicionar outra conta fictícia no Empathy e ambas devem aparecer bem (parece um erro ao listar as contas quando apenas uma conta é configurada). Você pode manter a conta fictícia configurada como "Desativada" ou "Desativada".