É completamente possível especificar vários repositórios, por exemplo:
deb http://in.archive.ubuntu.com/ubuntu/ natty main restricted deb http://us.archive.ubuntu.com/ubuntu/ natty main restricted
Se as mesmas versões dos mesmos pacotes forem encontradas nos dois repositórios listados, o apt baixará os arquivos do primeiro repositório listado. Se o primeiro repositório estiver desatualizado e o segundo tiver arquivos mais novos, o apt irá puxar do segundo repositório listado. Se um dos repositórios estiver inoperante, o apt irá extrair do repositório que permanece ativo.
Observe que você ainda verá reclamações em seus gerenciadores de pacotes se o repositório estiver inoperante, embora isso não deva afetar adversamente sua capacidade de baixar software, a menos que todos os repositórios estejam inativos.