Se o seu objetivo é ter muitas instalações do Ubuntu que são bastante semelhantes, mas você não quer ter muitas cópias do mesmo arquivo, então você pode querer considerar mudar para um sistema de arquivos que suporta copy-on-write. e desduplicação. O BtrFS suporta COW, o que significa que você pode ter quantas cópias de uma raiz desejar, sem precisar de mais espaço no disco. No entanto, ele não suporta desduplicação ainda, o que provavelmente significa que você começará a ver grandes aumentos ao instalar as atualizações. Isso normalmente não será um problema se suas máquinas forem de curta duração, então se for esse o caso, eu consideraria fazer isso em vez disso.
Outra alternativa é se você estiver usando o KVM. Então você pode querer considerar o uso do formato de imagem de disco qcow2. Isso praticamente lhe dará os mesmos benefícios que a mudança para o BtrFS no sistema host fará, exceto que você fará isso na imagem do disco rígido virtual. Você criará um "protótipo" de máquina virtual e clona seu disco rígido sem precisar de mais espaço.
Tenho certeza de que o copy-on-write é algo que você vai querer passar algum tempo pesquisando.