É o seu arquivo sql que está faltando a nova linha. sed
era "legal" e garantiu que sua saída tivesse uma nova linha.
$ diff <(printf 'x') <(printf 'x\n')
1c1
< x
\ No newline at end of file
---
> x
$ diff <(printf 'x\n') <(printf 'x')
1c1
< x
---
> x
\ No newline at end of file
Observe como a linha "\ No newline ..." está posicionada de acordo com o arquivo que estava faltando.