É id_rsa
em ~/.ssh
? É aqui que ssh
e scp
procuram as chaves privadas.
Além disso, se você usar uma chave privada, não deverá ser solicitada uma senha, isso sugeriria que ela não está sendo usada e também que não é necessária.
Eu também estou confuso sobre o porquê de você usar o putty se ambos os sistemas forem Linux.