Ao usar o driver nouveau opensource que é instalado por padrão, a troca de placas gráficas não deve (geralmente) ser um problema.
No entanto, desde que você tenha instalado os drivers proprietários da nvidia, você deve desativar o driver nvida da janela Additional Hardware, em seguida renomeando qualquer arquivo xorg.conf gerado:
sudo mv /etc/X11/xorg.conf /etc/X11/xorg.conf.backup
Troque sua placa gráfica, reinstale o driver nvidia-current (o driver recomendado) na janela Hardware adicional.
Por fim, execute nvidia-settings
para personalizar suas configurações específicas de monitor (es), como resolução, etc.