De um comentário de @GunnarHjalmarsson, resolvi o problema com as seguintes etapas:
- Desinstale o Anthy com
sudo apt-get remove --auto-remove anthy
. - Instale o pacote IBus-Anthy novamente com
sudo apt-get install ibus-anthy
. - Relogin / Restart.
- (Se ainda não estiver lá, adicione o IBus-Anthy na entrada de texto, o que era desnecessário para mim.)
- Remover o IBus-Anthy na entrada de texto.
Também coincidentemente, meu teclado antimodulado japonês começou a funcionar corretamente quando fui removê-lo, o que apenas mostra (eu tinha instalado o Mozc porque o anthy não estava funcionando).