&>>
é um bashism - não será entendido pelo shell dash
que ainda é (AFAIK) o padrão para /etc/rc.local
(em vez disso, ele o entenderá como &
seguido por >>
, ou seja, com o comando em segundo plano e, em seguida, sem acrescentar nada ao arquivo).
Você precisará alterar seu comando para usar o formulário POSIX do redirecionamento, por exemplo, cmd >> outfile 2>&1
/home/rootadmin/.virtualenvs/data_collection/bin/uwsgi --ini /etc/uwsgi/sites/data_collection_project.ini >> /etc/uwsgi/uwsgioutput.txt 2>&1