Se você usar a opção -C com rsync , ela inicializará uma lista de exclusão que contém .BAK arquivos junto com muitos outros.
Você pode usar man rsync e ver o que é excluído pela opção -C .
Se você quiser copiar os arquivos .BAK , remova a opção acima mencionada do seu comando. Embora, Observe que isso significará que qualquer coisa que tenha sido excluída anteriormente devido a essa opção também será copiada.
Assim, seu novo comando seria:
sudo rsync -ravp --delete /home/administrador/ArquivosAL/ /media/administrador/Seagate\ Expansion\ Drive/Backup