Assumindo que o Eclipse tem um diretório atual reconhecível (talvez onde foi lançado?), você pode simplesmente criar um diretório / link físico / bind-mount lá chamado "C:", e isso resolverá o primeiro problema .
O próximo problema é que '\' não é um separador de diretórios no Linux. Se você tiver muita sorte, pode haver uma camada de tradução em algum lugar no Eclipse que conserte isso para você, mas, do contrário, você pode criar arquivos com nomes de arquivos muito longos que se parecem com nomes de caminho do Windows. (por exemplo, C:\WINDOWS\whatever.txt
é um nome do arquivo perfeitamente válido no Linux.)
Se tudo mais falhar, edite o plug-in com um editor binário, lembre-se de deixar as sequências do mesmo tamanho (e esperar que nada faça um check-sum).