Alterar EXT3 para NTFS irá DESTRUIR TODOS OS SEUS ARQUIVOS.
Para fazer isso sem perder os arquivos, você precisa copiar todos os seus arquivos em algum lugar, alterar o tipo de partição (reformatar) e copiar os arquivos de volta.
Note que o NTFS não é adequado para o Ubuntu. No entanto, o Ubuntu pode ler e gravar partições NTFS. Portanto, as melhores 2 opções para você provavelmente seriam:
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Tenha uma partição grande para o Windows (NTFS) e outra para o Ubuntu (ext3 / 4). Armazene os arquivos comuns (por exemplo, documentos, mp3, filmes) na sua partição do Windows. Então você pode lê-los e escrevê-los nos dois sistemas operacionais.
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Crie uma terceira partição - NTFS ou FAT32 e armazene todos os arquivos comuns lá. Seria visível como disco "D:" no Windows e você pode ler e escrever no Ubuntu também.