Parece um problema de permissão, você pode tentar isso (de um terminal):
sudo chown [username]:[username] -R ~/.config
Se isso não ajudar, tente iniciar as "Preferências do aplicativo de inicialização" em um terminal usando este comando:
gnome-session-properties
Você pode ver mensagens de erro relevantes lá. Se a saída parecer inútil para você, você poderá postá-la aqui.