Acho que não há nada que faça isso depois você só tem a árvore de diretórios antiga como arquivo e não há como correlacionar os novos nomes de diretório com os antigos.
Como o script saberia se 01
está relacionado a Mercury
ou Venus
?
Existe, no entanto, essa resposta do Unix StackExchange exatamente à mesma pergunta, onde OP escreveu um script Perl , já que ninguém poderia fornecer uma resposta.
Mas eu acho que para isso funcionar, você precisa das diretivas antigas intactas, já que ele roda árvore com opções
tree --dirsfirst -spugD