Todos os discos do Windows estão disponíveis em /mnt/ , portanto você pode copiá-lo para E: usando Bash:
cp -r /home/user/direcory /mnt/e
O Root do Ubuntu está possivelmente localizado em C:\Users\USER\AppData\Local\lxss\ , onde USER é o seu login do Windows, então você pode pegar suas pastas lá.