Eles correm em momentos diferentes.
Os itens são carregados nos repositórios a qualquer hora (não uma vez por dia), portanto, se você comparar - atualizável em diferentes momentos do dia, obterá mais e mais resultados à medida que o dia passa.
O Apt NÃO procura pacotes na inicialização - isso atrasaria desnecessariamente a inicialização. A mensagem de login (parte da Mensagem do Dia [motd]) é gerada durante a execução diária do apt-daily ... durante alguma sessão anterior (como ontem). O texto é gerado e salvo no seu próximo login. É como um lembrete, e essa falta de precisão é uma questão menor bem conhecida.