Quando você executou o comando make , ele construiu o binário, mas não o instalou. Não parece ser uma opção de instalação para o seu programa, então você precisa referenciar o executável referindo-se a ele com ./pgn2ltx quando estiver no diretório onde você construiu o software.
A outra solução é copiar o executável compilado em /home/$USER/bin (criando a pasta primeiro se ela não existir) e, em seguida, adicionar esse diretório ao seu $PATH com export PATH="/home/$USER/bin:$PATH" diretamente na linha de comando , ou como parte do seu arquivo ~/.bashrc , para que as alterações sejam persistentes. A partir daí, o executável será reconhecido como um programa válido quando você tentar executar o software com apenas pgn2ltx diretamente na linha de comando.