Para migrar os arquivos de configuração, basta migrar sua pasta pessoal, incluir todas as configurações de aplicativos específicas do usuário e, como o Ubuntu e o Fedora usam o Gnome por padrão, isso deve funcionar muito bem.
Migrar os aplicativos instalados sem reinstalá-los do Fedora é uma idéia profundamente ruim. Tempo e esforço são deixados de lado, isso provavelmente resultará em um sistema instável e muito abaixo do ideal. Apenas não faça isso, reinstale os aplicativos do Fedora.
(As razões começam com diferentes árvores de sistema de arquivos e métodos de configuração entre distribuições e, provavelmente, não vão parar com versões diferentes de arquivos e bibliotecas dentro de pacotes de software individuais.)