O Wubi usa o grub4dos para inicializar (wubildr.mbr). A versão do grub4dos é de cerca de 2007, antes do lançamento do ext4. Em qualquer evento, o wubildr.mbr será interrompido sempre que encontrar uma partição ext4. A maneira como funciona é pesquisar cada partição (na ordem do BIOS) para o arquivo / wubildr (ou seja, wubildr na raiz da partição). Se chegar à partição ext4 antes de encontrar / wubildr, ela será interrompida. Então a solução é copiar / wubildr do drive de 320GB para as partições ntfs no drive de 500GB, assumindo que ele caia antes do ext4 - se não, a única maneira seria adicionar uma entrada ao seu outro Ubuntu para que você possa inicializar o Wubi instala a partir daí.