Eu tenho recebido isso também com o mesmo tipo de configuração.
Ainda não é definitivo, uma vez que o alterei esta manhã, mas notei que o cron funciona a 35 minutos de cada hora para todos. Os erros se parecem com tempos de espera ou erros de comunicação, mas minha conectividade tem sido normal. Eu estou pensando que talvez o servidor esteja ficando sobrecarregado quando todas as instalações tentarem pegar o arquivo ao mesmo tempo.
Eu editei o arquivo /etc/cron.d/landscape-server e mudei para um horário diferente e não tive nenhum erro desde então, mas, como eu disse, é apenas 5 a 6 horas.