O pacote jde está no multiverso porque, historicamente, ele exigia uma versão não-livre do Java para funcionar. O software que está disponível sob uma licença livre, mas requer software não-livre para funcionar, é enviado em "contrib" no Debian, que mapeia para "multiverse" no Ubuntu.
Parece que o jde não precisa mais do Java não-livre para funcionar, então, com base nisso, ele poderia ser movido para o universo. Infelizmente, o pacote também é não-mantido no Debian, com o resultado que depende de vários outros pacotes que são livres, mas foram removidos dos últimos lançamentos do Debian e Ubuntu (cedet-contrib, cogre , eieio, semântica, speedbar). Isto é documentado como Bug da Debian # 620341 , que ficou sem endereço por meio ano.
Desde que o pacote seja desinstalável, provavelmente não há sentido em movê-lo para o universo; mas se você quiser que isso seja alterado, você pode arquivar um bug no Launchpad contra o pacote jde e inscrever a equipe do ubuntu-archive no bug.