A pergunta é formulada como se houvesse uma maneira de ativá-lo globalmente. Eu não estou ciente desse método, aqui está como eu ligaria:
sudo ip link set eth1 mtu 9000
Ou (como este é um servidor) se você estiver usando a configuração /etc/network/interfaces , você pode simplesmente colocá-lo no final assim:
auto eth1
iface eth1 inet static
address ...
netmask ...
network ...
broadcast ...
gateway ...
dns-nameservers ...
mtu 9000
Eu sugiro que você teste a taxa de MTU com ip antes de você persistir em /etc/network/interfaces . Ah, e você precisará executar sudo service networking restart se você usou apenas o segundo método.
Você pode verificar a configuração com ip :
ip link show eth1
E existem várias coisas como traceroute --mtu que podem medir e testar essa MTU.