Como o seu arquivo python é compilado por byte, você precisa executá-lo através do interpretador python
python yourfile.pyc
O motivo pelo qual você pode executar seus arquivos .py é diretamente porque você tem a linha
#!/usr/bin/python
ou
#!/usr/bin/env python
ou algo similar na primeira linha dos arquivos .py. Isso diz ao seu shell para executar o resto do arquivo com o interpretador python.