Tente aplicar o dimensionamento à entrada, assim:
ffmpeg -i video.mp4 -i watermark.png -filter_complex "[0:v]scale=640:360[bg];[bg][1:v]overlay=10:10" -tune psnr -refs 3 -c:v libx265 -preset veryslow -crf 33 videofull.mp4
Verifique os detalhes de videofull.mp4
usando:
ffprobe -v quiet -print_format json -show_format -show_streams videofull.mp4