Aqui está uma que faz as notificações pop-up. Ele funcionará a partir da linha de comando e até funciona em tarefas agendadas.
A maneira mais simples de usá-lo é assim:
echo 'notify-send "FINISH THAT MIDNIGHT PROGRAM"' | at 20:00
(Obrigado, @M. Becerra)
Ele apresenta um pop-up no canto superior direito de todos os desktops, mas sem parâmetros de linha de comando é silencioso e desaparece em apenas alguns segundos, então aqui está um bom artigo que explica os pontos altos:
Especificação das notificações de desktop do Gnome
Pode fazer barulhos, se necessário, por exemplo.