~/.pam_environment não é avaliado por um shell, mas pelo módulo PAM pam_env. Portanto, você não pode usar a sintaxe do shell como $PATH e seu $PATH está agora definido como literalmente /home/acer:$PATH , então os programas em /bin/ , /usr/bin/ , ... não são encontrados.
Inicialize no modo de recuperação (consulte Como inicializo em uma raiz? shell? ) e edite ou remova o seu .pam_environment .