Sim, já tive esse problema antes, não apenas no Ubuntu, mas também no Windows. Eu acho que há um bug na implementação do MTP no Android.
Editar: Sim, isso é um bug conhecido no Android desde outubro de 2012
Essencialmente, se você criar um arquivo no telefone sem reinicializar, o computador não o verá mesmo que você possa puxá-lo com o ADB.
Então eu acho que a resposta é apenas reiniciar o telefone ou usar adb pull
.