1. A maneira do console :
Se você quiser mover / copiar de .directory para a área de trabalho:
mv /path/to/.directory/filename ~/Desktop cp /path/to/.directory/filename ~/Desktop
Como alternativa, se você quiser mover / copiar da área de trabalho para o diretório:
mv ~/Desktop/filename /path/to/.directory cp ~/Desktop/filename /path/to/.directory
A diferença entre mv e cp é:
mv moverá um arquivo (o arquivo na origem é destruído).
o cp copia um arquivo (você pode manter o arquivo na origem).
2. O caminho da GUI :
Abra o gerenciador de arquivos e ative Mostrar arquivos ocultos (Ctrl + H no PcManFM e muitos outros). Você pode navegar em qualquer diretório oculto e arrastar e soltar o arquivo no destino pretendido.