Acabei de descobrir a solução, por isso decidi publicá-la aqui.
Selecione "Importar pasta EncFS" e vá para o local onde você tinha seus arquivos. Obviamente, não haverá nada lá.
Pressione Ctrl + H para mostrar os arquivos ocultos e lá vai você, esse arquivo estará lá. Importe essa pasta e você está pronto para ir.