De Guia Wubi :
[..] inicie o Wubi a partir do prompt de comando com o argumento "--32bit".
Para modificar argumentos sem usar o prompt de comando, clique com o botão direito do mouse Wubi.exe e selecione "Criar atalho". Em seguida, clique com o botão direito no atalho selecione Propriedades e modifique a linha de destino, por exemplo:
"C:\Documents and Settings\<user>\Desktop\wubi.exe" --32bit
O argumento "- 32bit" ainda funciona, também para Versões do Wubi suportadas pela comunidade . A mesma pasta não é suficiente se nomes de arquivo diferentes forem definidos para ISO de 32 bits e ISO de 64 bits (/ casper / vmlinuz, /casper/vmlinuz.efi)