Do FAQ do Ubuntu One :
O Ubuntu One suporta links simbólicos ou hard links?
Não, o Ubuntu One atualmente não suporta links simbólicos ou hard links. Se você estiver executando o Ubuntu 10.04 LTS ou superior, você pode sincronizar pastas dentro de seu diretório pessoal clicando com o botão direito do mouse sobre elas e selecionando "Sincronizar no Ubuntu One".