Bem, como a pergunta ainda não está encerrada e ninguém mais postou uma resposta, eu vou jogar isso lá fora.
O Windows gasta uma quantidade excessiva de tempo em torno do registro. Os aplicativos estão sobrecarregados com tamanhos de GUI maiores que no Linux. O código é mais inchado. .dll (Dynamic Link Libraries) são grandes (e confusas - DLL Hell)