Os comandos não são visíveis porque o Bash salva o histórico no arquivo .bash_history somente depois que o shell é encerrado, e isso acontece muito raramente com o Guake. Existe uma solução simples para fazer com que o Bash acrescente o histórico (em vez de sobrescrevendo o arquivo) após cada comando
shopt -s histappend
PROMPT_COMMAND="history -a;$PROMPT_COMMAND"