Desculpe por responder minha própria pergunta, mas descobri que isso foi causado por uma configuração de XDG_CURRENT_DESKTOP=Unity
em meu .profile. Isso precisava ser definido para mostrar a sobreposição ao clicar no ícone da caixa de depósito na barra de tarefas (superior).
Depois de remover essa linha (ou seja, não usar essa variável env), os ícones estão de volta!
Parece estranho que esta variável esteja fazendo com que o centro de controle de unidade não mostre alguns ícones (e porque não todos eles?). A variável deve ser consistente, porque isso é Unity. De qualquer forma, se você se deparar com o mesmo problema, você tem (no estado atual de 17,04) para fazer a troca entre não ver o Dropbox-Overlay com suas informações e não ver os ícones nas configurações. Para o meu laptop-ubuntu isso foi um acéfalo ...