mkfs.fat(8)
tem as opções -s
e -S
para tamanhos de cluster e setor personalizados.
-s SECTORS-PER-CLUSTER
Especifique o número de setores de disco por cluster. Deve ser uma potência de 2, ou seja, 1, 2, 4, 8, ... 128.
-S LOGICAL-SECTOR-SIZE
Especifique o número de bytes por setor lógico. Deve ser uma potência de 2 e maior ou igual a 512, ou seja, 512, 1024, 2048, 4096, 8192, 16384 ou 32768.
Portanto, o comando que você deseja deve ser algo como o nome do dispositivo correto, 128 clusters por setor e um tamanho de setor de 512 bytes:
mkfs.vfat -s 128 -S 512 /dev/name
para este propósito, vfat e fat são provavelmente os mesmos, embora o 3DS possa querer apenas ler sistemas de arquivos a partir de partições marcadas como vfat ao invés de gordura. gordura é da era dos msdos e vfat é do win95 em diante.