Descobri que a incapacidade de desligar ocorreu apenas quando uma suspensão / resumo foi realizada durante a sessão. No entanto, ps aux | grep suspend
não deu nenhum resultado. Parece que o problema de desligamento foi relacionado a outro problema no 16.04 LTS, no qual a criptografia da partição de troca não está funcionando. Eu arquivei os detalhes no Ubuntu do Launchpad Bug # 1594035 . Finalmente, eu apenas desabilitei a swap e deletei a partição swap. A troca criptografada está interrompida e está interferindo na suspensão / retomada / desligamento.