Não. Isso não afeta de maneira alguma. Na verdade, muitos usuários fazem isso regularmente para alternar do Unity para o Gnome Shell. Esse é um trabalho perfeito para fazer, já que você não está mais disposto a usar o Unity.
Atualmente, estou executando o Ubuntu GNOME comutado a partir do Unity 7. Enquanto estou no GNOME, se eu limpar ou remover a unidade, isso afeta de alguma forma?
Não. Isso não afeta de maneira alguma. Na verdade, muitos usuários fazem isso regularmente para alternar do Unity para o Gnome Shell. Esse é um trabalho perfeito para fazer, já que você não está mais disposto a usar o Unity.
Não, isso não afetará o GNOME. Eu era um usuário do Unity, mas mudei para o Gnome Shell e excluí o Unity. Nada aconteceu.