É comum que as ferramentas de gerenciamento de pacotes deixem arquivos apenas no diretório pessoal, para que as preferências do usuário etc. sejam mantidas na reinstalação. Você pode optar por excluí-los, se desejar, mas eu não esperaria que o flatpak
(ou qualquer outra ferramenta de instalação de software) excluísse os arquivos de configuração no meu diretório pessoal. E é isso que o ~/.var/app
está, olhando para o exemplo no wiki do flatpak :
.var/
└── app
└── org.gnome.GEdit
├── data
├── config
└── cache
~/.local/share/flatpak/repo/refs/remotes/org.flatpaklinux.Suphead-origin
parece ser parte do estado do flatpak, e pode ser usado para rastrear o que foi instalado e de onde (esses dados também são mantidos após a remoção do pacote e, de qualquer forma, eles não ocupam muito espaço). Do wiki do flatpak:
O Flatpak usa o OSTree para distribuir e gerenciar aplicativos e tempos de execução. O repositório / na árvore acima é o repositório local do OSTree. O Flatpak cria os diretórios / aplicativos ativos de aplicativos e tempos de execução como links simbólicos para checkouts do OSTree (no mesmo diretório). Usando o OSTree tem a vantagem de que os checkouts são automaticamente deduzidos e compartilhar o espaço em disco, já que o OSTree está usando hardlinks e endereçamento. OSTree também facilita a reversão para um versão, caso surja a necessidade.
refs/remotes/org.flatpaklinux.Suphead-origin
parece muito com algo de um repositório do Git:
$ cat .git/refs/remotes/origin/master
73dad27c1c047c159f0ee22d6627af5bfdf4dbfc
Se esse é realmente o caso, então esse arquivo apenas indica qual commit da fonte remota estava na última vez que você buscou algo de lá.
Se você acha que o flatpak está ocupando muito espaço mesmo depois de remover um aplicativo, verifique a saída de flatpak list -d --app --runtime
para ver quais aplicativos e tempos de execução ainda estão instalados e o espaço que eles ocupam.