Dependendo do que você estava usando o Avidemux, talvez seja possível usar o HandBrake para transcodificar vídeos. Há também uma versão de linha de comando do HandBrake chamada handbrake-cli. Caso contrário, instale o Kdendlive para trabalhar com imagens de vídeo brutas e outras funções do editor de vídeo. Para instalar todos os três aplicativos, abra o terminal e digite:
sudo apt install handbrake-cli handbrake kdenlive