Parece que seus arquivos git devem ter sido sobrescritos quando você reinicializou, já que você fez o diretório home todo o git repo local. O diretório pessoal do usuário precisa conter determinados arquivos, como .profile
etc.
Acho que uma maneira mais segura seria garantir que você clones para um diretório no diretório inicial do seu usuário no futuro com:
git clone <git-source-repo> /home/user/project-name
Infelizmente, isso não ajudará você a recuperar os arquivos perdidos.