Eu uso xmonad em vez de i3, mas talvez seja uma solução semelhante:
Consegui que funcionasse com gromit-mpx
, especificando uma chave que eu era capaz de digitar, neste caso F9:
gromit-mpx --key "F9"
Em seguida, pressionando F9 , meu cursor mudou para uma cruz e pude anotar minha tela; clique direito age como uma borracha.
Screenshot do gromit-mpx anotando com sucesso no xmonad: